El INTE tiene como misión ser una plataforma académica de la PUCP para coordinar esfuerzos de investigación, difusión y capacitación en temas, metodologías y tecnologías de relevancia ambiental. Su labor enfoca esta tarea desde un punto de vista del aprovechamiento sostenible de los recursos de la naturaleza, territorio y la energía. Este enfoque es necesariamente multidisciplinario y pretende funcionar como puente entre distintas visiones académicas como lo son las de las ciencias naturales, las sociales y humanas y la ingeniería. Por ello, la función primaria del instituto es de coordinación y generación de grupos de trabajo que puedan crear un entorno de comunicación fluida – interdisciplinaria- entre sus elementos y canalizar estas iniciativas para plasmar propuestas de investigación que puedan ser financiadas y así, ayudar en la gestión de estos proyectos y en la difusión de los resultados a la comunidad académica y a la sociedad.